弗吉尼亚州:PFGE和全基因组测序显示沙门氏菌爆发是谁的老板

弗吉尼亚州:PFGE和全基因组测序显示沙门氏菌爆发是谁的老板

VDH地区流行病学家MPH的Marshall P. Vogt; VDH食源性和水传播疾病流行病学专家,MPH的Krisandra J. Allen;杰西卡·沃森·罗斯纳(Jessica Watson Rosner),MPH,食源性疾病流行病学家,VDH; VDH区域流行病学家Angela Myrick-West;劳伦·特纳(Lauren Turner)博士,DCLS食源性和高级病原体表征首席科学家

在2015年8月, 公共卫生实验室 的科学家 弗吉尼亚综合实验室服务部 (DCLS)通知了食源性疾病流行病学家 弗吉尼亚卫生部 (VDH)他们正在发送四个数据 沙门氏菌 肠炎沙门氏菌从弗吉尼亚州中部的一个乡村县分离出来。他们都有匹配的 PFGE模式。在病例审查期间,流行病学家从同一弗吉尼亚州中部县发现了另外四例沙门氏菌病病例,但没有匹配的PFGE模式。所有的分离物都是 沙门氏菌 肠炎,病例发生的时间也很重要,所有八名患者彼此之间都在几周之内生病。尽管有这些共同点,但八个 沙门氏菌 肠炎沙门氏菌的分离株包含三种不同的PFGE模式,通常不会将它们链接为一个簇。这些仅仅是零星的个别案例,还是新兴的爆发?考虑到相似的(虽然略有不同)PFGE模式,相似的患者位置以及相对短的疾病发作时间,足以促使进一步的研究。

作为一个 脉冲网 在参与实验室中,DCLS还向PulseNet国家数据库提交了PFGE模式和相应的数据。 脉冲网数据与流行病学数据一起可用于快速连接相似的食源性疾病病例,以将其链接回通用来源。

流行病学家 在他们较早的最初病例采访中,通过对八名患者立即进行更深入的采访,以确定在疾病发作之前的潜在共性。与他们交谈的前四个人中,有三个报告说在同一家当地餐馆吃饭。然后,流行病学家开始询问其余的病人,在生病之前的7天里,他们是否也曾在这家餐厅用餐。八分之六的人说“是”。

弗吉尼亚州:PFGE和全基因组测序显示沙门氏菌爆发是谁的老板www.APHLblog.org在弗吉尼亚州的公共卫生系统中,公共卫生实验室的科学家与食源性疾病流行病学家之间经常进行双向交流。在任何调查中,即使移交了群集信息之后,公共卫生实验室也希望听到调查中发现的那些遗迹。 Epis可能想知道是否有其他测试或分析可用来支持他们的调查。在这种情况下,这些Epis告诉了公共卫生实验室科学家他们的发现: 沙门氏菌 肠炎沙门氏菌是从具有三种不同PFGE模式的患者中分离出来的,八分之六的患者报告在生病之前的同一时间访问同一家餐厅。听起来好像是一次爆发,​​有一个共同的消息来源,但是需要更多的测试来确认。

公共卫生实验室的工作人员和流行病学家同意,此信息支持使用 全基因组测序 (WGS)以更好地了解分离株之间的关系。 WGS提供了一种快速,廉价的方法来改善PulseNet的监视,并允许诸如DCLS之类的参与实验室更有效地利用资源。在弗吉尼亚州,这是WGS在本地暴发调查中的首次应用。 WGS分析显示,八分之七 沙门氏菌 肠炎沙门氏菌分离物与遗传高度相关。 WGS数据为流行病学家的假说提供了支持,该假说是有共同来源的暴发,很可能与一家餐馆有关。

经检查,发现该餐厅有两个与温度监控有关的严重问题,后来得到纠正。在此调查中未涉及任何特定食物,但是温度滥用可能是导致食物扩散的一个因素。 沙门氏菌 在设施中。

PFGE数据有助于识别该群并促使进行调查,而WGS信息则加强了分离株之间的相关性,并支持流行病学家的调查结果来完成故事。事实证明,epi和公共卫生实验室的科学家之间频繁的交流与合作对于确定和解决疫情至关重要。

由于这次暴发的成功,弗吉尼亚州正在使用WGS进行其他调查。 WGS已成功用于其他几次爆发,并继续提供该淘汰赛用于爆发检测。

有兴趣了解更多有关食品安全或报告弗吉尼亚州食源性疾病的信息吗?查看弗吉尼亚州卫生署的 我的餐探 有关食品安全视频,餐厅检查信息等的网站!

今年我们庆祝 20 PulseNet周年 美国。每个月都会重点介绍PulseNet的成功案例。从了解更多有关PulseNet的信息 亚太图书馆 和 CDC.

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