检测,测序和监测SARS-COV-2病毒变体

检测,测序和监测SARS-COV-2病毒变体

由梅丽莎·施拉德,作家

测序病毒具有许多目的,其中两种用于监测循环菌株和分析簇。在前几个月 新冠肺炎 大流行,科学家没有专注于识别潜在的变异菌株,因为 SARS-CoV-2 - 导致Covid-19的病毒具有相对缓慢的突变率。当病毒的变异开始于2020年12月开始出现时发生了变化。然而,几个公共卫生实验室已经在进行映射病毒基因组的重要工作,以便分析群集,并完全准备好在应用中枢转全基因组测序工作以检测病毒变体。

明尼苏达卫生部公共卫生实验室部门 (MDH),SARS-COV-2测序是从Covid-19大流行的一开始进行的。明尼苏达州的第一个确认的Covid-19案例于3月6日,2020年和Sean Wang,PHD,DVM,测序的主管和 生物信息学 ,开始于2020年3月13日开始测序SARS-COV-2样品。这项早期努力使明尼苏达州成为第一个 公共卫生实验室 在该国开始此过程并与公众共享数据。

最初,遗传测序的目标是分析聚类,并确定第一个病例源自地理位置的位置。开始这个过程早期提供了有关该州病毒传播的有价值的信息,但它也导致了一些紧张,因为Minnesota的公共卫生实验室需要进行诊断测试继续增长。 Sara Vetter,Phd,D(ABMM),临时助理实验室主任&CLIA总监,表明这一点至关重要,以保护专门致力于排序工作的员工。

“我们不得不在大流行开始时优先考虑,”芬特解释道。她记得思考并说:“是的,一切都在我们身边,我们每个人都没有顺序,但我们有一个亨希,即使我们没有时间,这将在长远来看。”

具有支持遗传测序的价值的领导力允许王先生最终识别该国家的第一个案例于2021年1月25日 - 同一天他为他的第一个Covid-19疫苗接种计划的同一天。

肖恩王明尼苏达卫生公共实验室部门,在实验室工作。

“我感到惊讶和兴奋,但我也需要仔细检查以确保数据是正确的,”王召回。 Vetter感受到预期的救济感。

“当我们寻找东西时,我们找到了东西,”她解释道。 “我们渴望采取下一步,使我们的调查结果与公众达成协议。”

科罗拉多州公共卫生与环境实验室 (CDPHE),在SARS-COV-2病毒中未对SARS-COV-2病毒进行测序,直到2020年9月初,当终于存在足够的员工能力进行诊断测试和监测测序时。最初,目标是看看重新感染的个人的案例,以及审查这种国家病毒的引入和传播。

Sarah Totten,DrPH,M(ASCP),CIC,Cdphe Microbiology计划经理解释说,在实验室中设置测序过程挑战。 “测序总是我们计划的一部分,”她说。 “但是如何在一个觉得它充满混乱的实验室中执行它是一个挑战。”

按照诊断团队建造的排序团队,因为它们变得更加高效,流程被简化。尽管有这些挑战,Shannon Matzinger,博士学位,铅微生物学科学家,非常迅速,她的实验室领导,“通过测序来认识到分析价值”,并向公众通知这些调查结果。

2020年12月29日Matzinger刚刚开始于三个月的比赛,鉴定了美国B.1.1.7病毒变异的第一种情况。 Matzinger正在通过美国疾病控制和预防(CDC)资助的谷歌云计算资源从家访结果工作,当她发现B.1.1.7变体时,思考“这只是时间问题”。

“我盯着恐惧和迷恋的感觉,”她记得。然后,她发出托特,艾米丽横发,博士,Cdphe的科学导演,突变病毒的基因树的图像,具有简单的标题: 它在这里。

Travanty强调了Matzinger的发现所证明的时间有多重要,因为许多人仍在参加假日庆典,花时间与大家庭共度时光,并且随时准备从2020年开始进入新的一年。 “及时发现B.1.1.7。 Variant允许的卫生部在科罗拉多州的领导能力融入互联网,并揭示了每个人所需的关键信息,以保持戴着面具和锻炼谨慎行事。“

强大的通信网络对MDH和CDPHE员工证明非常宝贵。王某指定了流行病学家和实验室之间的紧张和经常沟通,作为其项目成功的关键。遍历同样地指出了高水平的协调和参与,她的实验室参与日常会议,以便与科罗拉多州的流行病学家实时共享数据。 “医院和临床环境现在正在接触CDPHE以参与测序,”托特登补充道。

明尼苏达州和科罗拉多州正在继续使用测序进行监测和检测SARS-COV-2变体。两位实验室都有一个目标目标,以序列在其州的所有积极案件中的5%,尽管如果案件再次激增并需要诊断测试的需要显着增加,这将证明具有挑战性。

那么,这两个国家的公共卫生实验室团队有什么从这种经验中学到了测序作为识别和监控变体的方法?这两个实验室都支持在大流行早期阶段的投入和分析的致力于监视和分析的价值,并继续发展分析的目标。

“追随你的肠道很重要,并知道什么时候重要的事情,”Vetter说。 “我们有一个亨希,所以我们雕刻和拉伸[我们的时间和资源],我们通过测序学到了很多。它已付款。“

“能够非常全面地查看WGS已经让我们将其用作要求的方式”是关注的这些变体?下一步是什么?我们尚未知道什么?',“托特登补充道。

 

Melissa Schraeder是一位自由作家和教育家。

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